На работе сижу за Ubunta и заметила разницу в быстродействии Eclipse от разных виртуальных машин, даже если их версии не сильно отличаются. Например, я установила jdk 1.7.0_04 через репозиторий Ubuntu:
add-apt-repository ppa:upubuntu-com/java
apt-get update
apt-get install oracle-java7-installer
Всё моментально встало и заработало. Плюс в том, что эта версия будет автоматически обновляться, а минус - она изначально не самая свежая и почему-то тормозная. Особенно это чувствуется при разработке в Eclipse. Поэтому скачала с oracle.com новейшую версию Java и запускаю IDE только через неё:
/home/sportlive/soft/eclipse/eclipse -vm /home/sportlive/soft/jdk/jre/bin/java
Второй вариант гораздо шустрей, правда, обновляться придётся вручную. Но учитывая, что Eclipse сам по себе неторопливый (особенно при работе с большими файлами), то всё равно свежая VM предпочтительнее.
Можно и вовсе пользоваться только ею для всех приложений в системе, дома я так и делала - настраивала через alternatives в Debian.